Испания, 1944 год. Среди горных лесов Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь, где командует её новый отчим — капитан Видаль. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любыми средствами.
Однажды Офелия находит рядом с домом древний заброшенный лабиринт. Там её встречает фея, которая приводит девочку к Фавну, хранителю подземного мира. Существо открывает Офелии тайну: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, и её отец ждёт возвращения дочери уже много веков. Чтобы вернуться домой, Офелия должна выполнить три испытания до полнолуния, храня свою миссию в строжайшей тайне.
